[Corpora-List] Proposition de thèse au LS2N (Université de Nantes) : Mining Host-Microbiome Interactions using Natural Language Processing

Solen Quiniou solen.quiniou at univ-nantes.fr
Mon Apr 12 09:43:51 CEST 2021


Bonjour,

Nous proposons un sujet de thèse au LS2N, à Nantes, intitulé "Fouille d'interactions hôte-microbiome à l'aide de traitement automatique des langues". Vous trouverez plus de détails sur le sujet, ci-dessous.

Bonne journée. Solen Quiniou.

(English version below)

-- Titre --

Fouille d'interactions hôte-microbiome à l'aide de traitement automatique des langues

-- Résumé --

Le sujet de thèse propose porte sur l'extraction de relations entre espèces de microbiotes humains, et leurs relations avec des gènes, biomolécules, et maladies, à partir de la littérature scientifique, en utilisant des techniques de traitement automatique des langues. Nous nous intéresserons plus particulièrement aux articles traitant du microbiote intestinal et du microbiote pulmonaire et nous validerons les résultats obtenus grâce à une collaboration étroite avec des chercheurs du CHU de Nantes travaillant sur ces deux microbiotes et leur rôle dans les maladies inflammatoires. Vous pouvez trouvez plus de détails dans le lien suivant : https://www.ls2n.fr/stage-these/mining-host-microbiome-interactions-using-natural-language-processing <https://www.ls2n.fr/stage-these/mining-host-microbiome-interactions-using-natural-language-processing>

-- Domaines de recherche --

Intelligence artificielle, apprentissage automatique, traitement automatique des langues.

-- Keywords --

Extraction de relations, articles scientifiques bioméedicaux, microbiome humain, traitement automatique des langues, plongements de mots contextualisés.

-- Profil du candidat ou de la candidate --

Le candidat ou la candidate doit avoir un master (ou équivalent) en informatique, avec une spécialisation en apprentissage automatique ou en traitement automatique des langues. Il/elle doit avoir un bonne niveau de programmation en Python (notamment sur les frameworks d'apprentissage automatique).

-- Procédure de candidature --

Candidatez en envoyant un mail aux encadrants de la thèse (solen.quiniou at ls2n.fr <mailto:solen.quiniou at ls2n.fr> et samuel.chaffron at ls2n.fr <mailto:samuel.chaffron at ls2n.fr>).

Date butoir pour les candidature : *** 26 avril 2021 ***

Le dossier de candidature doit contenir : - un CV détaillé ; - une lettre de motivation ; - les notes obtenues en master 1 et master 2 (ou équivalent) ; - une ou deux lettres de recommandation (recommandé).

Les auditions (en visio-conférence) des candidat(e)s présélectionné(e)s auront lieu entre le 27 avril et le 30 avril.

========================================= English version =========================================

-- Title --

Mining Host-Microbiome Interactions using Natural Language Processing

-- Abstract --

The proposed PhD thesis concerns the extraction of relations between human microbiota species, and their relationships with genes, biomolecules, and diseases, from scientic papers, using natural language processing techniques. We will focus on papers dealing with the gut microbiota and the lung microbiota and we will validate the results obtained through a close collaboration with researchers from the University Hospital of Nantes, working on these two microbiota and their role in inflammatory diseases. If you want more details on this proposal, you can contact us to get the pdf containing the full description of it.

-- Research fields --

Artificial Intelligence, Natural Language Processing, Machine Learning.

-- Keywords --

Relation extraction, biomedical scientific papers, human microbiome, natural language processing, contextualized word embeddings.

-- Candidate profile --

The candidate must hold a master in Computer Science, with a specialization in Machine Learning or Natural Language Processing. The candidate must have good skills in Python (including Machine Learning frameworks).

-- Application process --

Apply by sending an email directly to the supervisors (solen.quiniou at ls2n.fr <mailto:solen.quiniou at ls2n.fr> and samuel.chaffron at ls2n.fr <mailto:samuel.chaffron at ls2n.fr>).

Deadline for applications: *** April 26th, 2021 ***

The application must include: - a Curriculum Vitæ; - a cover letter; - the academic transcripts of a master’s degree(s) or equivalent; - one or two letter(s) of recommendation (recommended).

Auditions (using visio-conference) of preselected candidates will take place between April 27th and April 30th. -------------------------- Solen Quiniou, PhD Maître de conférences / Associate Professor : http://www.univ-nantes.fr/Solen-Quiniou Université de Nantes, IUT de Nantes (département informatique, site Joffre, bureau E1/06) LS2N, équipe TALN (campus Lombarderie, bâtiment 11, bureau 222) Co-responsable du parcours ATAL (Apprentissage et Traitement Automatique de la Langue) du master Informatique de l’Université de Nantes Trésorière de l’ATALA (Association pour le Traitement Automatique des Langues) : www.atala.org

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